Desinfektion kan ske med fysikaliska eller med kemiska metoder. Värmedesinfektion ska användas i första hand. Desinfektion definieras som en reduktion av antalet mikroorganismer till en nivå som bedöms ändamålsenlig för att uppnå ett definierat syfte.
Desinfektion med kemiska medel ska inte utföras om enbart vanligt rengöringsmedel och sköljning i vatten är tillräckligt. Beakta hållbarhetstiden för desinfektionsmedlet.
Desinfektionsmedel inaktiveras av smuts det vill säga organiskt material och desinfektionsmedlet kan även skydda mikroorganismerna genom att de blir inkapslade. Därför bör det desinfektionsmedel som används till ytor även ha en god rengörande effekt.